Doctoraatsbeurs - Begrijpen van celbestemmingen van aneuploïde pluripotente cellen via single-cell R

1 - Werken bij de VUBDe Vrije Universiteit Brussel staat al meer dan 50 jaar voor vrijheid, gelijk(waardig)heid en verbondenheid, en dat leeft sterk op onze campussen bij zowel studenten als personeel. Bij de VUB vind je een diverse verzameling aan persoonlijkheden: innovators pur sang, maar vooral mensen die % hun authentieke zelf zijn. Met zo’n 4. medewerkers zijn we de grootste Nederlandstalige werkgever, in de privésector, in Brussel; een internationale stad waarmee we ons maar al te graag verbinden en waar(rond) onze 4 campussen gelegen zijn.  Voeg daarbij ons beginsel van vrij onderzoek - waarin zelfreflectie, een kritische houding en een open, creatieve geest rond wetenschappelijke en maatschappelijke vraagstukken centraal staan - en je hebt een universiteit die fundamenteel grensverleggend en pionierend is op het vlak van onderwijs en onderzoek. Kortom: de VUB ten voeten uit.  De VUB is bovendien lid van EUTOPIA, een alliantie van gelijkgestemde Europese universiteiten, allen klaar om zichzelf opnieuw uit te vinden.  2 - Functie Momenteel zijn we voor de Onderzoeksbursalen van de Faculteit Geneeskunde en Farmacie, vakgroep Basis (bio)-medische wetenschappen, onderzoeksgroep Genetics Reproduction and Development op zoek naar een doctoraatsbursaal. Meer concreet zal je takenpakket, ter voorbereiding van een doctoraat, er als volgt uitzien: Ben jij een bio-informaticus die geïnteresseerd is in hoe genetische verschillen celontwikkeling beïnvloeden? Word doctoraatsstudent bij de onderzoeksgroep Genetics, Reproduction and Development (GRAD) en: Gebruik single-cell omics-technieken om menselijke pluripotente stamcellen, menselijke embryo’s en stamcel-afgeleide embryomodellen te analyseren. Onderzoek hoe veranderingen op chromosoomniveau de celbestemming en ontwikkeling beïnvloeden. Werk samen in een team met experts in genomica en stamcelbiologie. We zoeken iemand die nieuwsgierig, gemotiveerd en enthousiast is om computationele vaardigheden toe te passen op baanbrekende biologische vraagstukken. In dit project ontwikkel je een tool om karyotypen af te leiden uit individuele cellen op basis van hun transcriptomen, en gebruik je deze voor data-analyse van bestaande scRNAseq-datasets in het lab, evenals publiek beschikbare en nieuw gegenereerde data. Je bestudeert hoe abnormale genetische inhoud celbestemmingen beïnvloedt in pluripotente stamcellen, embryomodellen en menselijke embryo’s, met bijzondere aandacht voor hoe celstress deze processen beïnvloedt. Tijdens je doctoraat werk je nauw samen met een postdoctoraal onderzoeker die het labwerk uitvoert ter ondersteuning van jouw in silico onderzoek, onder begeleiding van Prof. Spits – een expert in aneuploïdie in vroege ontwikkeling – en bio-informaticus Prof. Olsen. Je krijgt toegang tot geavanceerde onderzoeksinfrastructuur, nauwe begeleiding door Prof. Spits en Prof. Olsen, een breed internationaal netwerk van samenwerkingspartners, een dynamische, ondersteunende en gezinsvriendelijke labcultuur die open science, reproduceerbaarheid en loopbaanontwikkeling waardeert, en tal van trainingsmogelijkheden in overdraagbare vaardigheden. Voor deze functie zal onze Brussels Health Campus (Jette) je thuisbasis worden.  3 - Profiel Wat verwachten wij van jou? MSc (of gelijkwaardig) in Bio-informatica, Computationele Biologie, Biomedische Wetenschappen, Computerwetenschappen, Ingenieurswetenschappen of een verwant vakgebied (diploma behaald voor de startdatum). Essentieel: Aantoonbare interesse in grootschalige genomische data-analyse (projecten, stage of thesis tellen mee). Programmeervaardigheden in R of Python. Vermogen om zelfstandig en in een multidisciplinair team te werken; goede beheersing van het Engels, mondeling en schriftelijk. Gewenst / Pre: Praktische ervaring met scRNA-seq-analyse. Achtergrond in statistiek, machine learning of datavisualisatie. Bekendheid met Linux en high-performance computing omgevingen. Je hebt geen werkzaamheden verricht in het kader van een mandaat als assistent bezoldigd ten laste van de werkingsmiddelen, gedurende meer dan 12 maanden (gecumuleerd).  VUB wil een weerspiegeling zijn van de maatschappij waar ieders talent wordt gewaardeerd, ongeacht het gender, geslacht, leeftijd, religie, huidskleur, migratieachtergrond, functiebeperking en de neurodiversiteit.4 - Aanbod Word jij onze nieuwe collega? Dan bieden we je een voltijdse doctoraatsbeurs aan, voor de duur van 12 maanden (verlengbaar tot max. 48 maanden, mits positieve evaluatie van de doctoraatswerkzaamheden), met voorziene startdatum 01-11-. Je ontvangt een beursbedrag gekoppeld aan een van de barema’s die door de overheid worden vastgelegd. OPGELET: De effectieve uitwerking van de doctoraatsbeurs is onderworpen aan de opschortende voorwaarde van jouw inschrijving als doctoraatsstudent aan de universiteit. Bij de VUB garanderen we een open, betrokken en diverse werkplek en bieden we je kansen om je carrière (verder) uit te bouwen. Daarnaast geniet je van voordelen als: Uitgebreide thuiswerkmogelijkheden, een telewerkvergoeding van 50 euro per maand OF een internetvergoeding van 20 euro per maand;  Een open informele werkomgeving met aandacht voor je work-life balance, een uitzonderlijke verlofregeling met 35 verlofdagen (bij voltijdse tewerkstelling), sluiting tussen Kerstmis en Nieuwjaar, en 3 extra verlofdagen;  Een kosteloze hospitalisatieverzekering;  Maximale terugbetaling van woon-werkverkeer met het openbaar vervoer en/of een fietsvergoeding;  Gevarieerde maaltijden in onze campusrestaurants aan een aantrekkelijk tarief;  Kinderdagverblijf vlak bij de campus, korting op vakantiekampen;  De ruimte om je job-inhoud mee te vormen en voortdurend bij te leren via onze VUB-leerplatformen en opleidingen;  En tot slot: toffe collega's met een gezonde drive.